双侧肾脏囊肿最佳的治疗方法，需要根据不同的情况来进行判断。如果双侧肾脏囊肿，经过检查以后是个良性囊肿，它是后天老化的表现，当直径大于五厘米的时候，做B超引导下的穿刺抽液处理。当直径小于五厘米的时候，只需要动态观察即可。
如果双侧肾脏囊肿，是由于遗传性疾病造成了，例如多囊肾，只需要动态观察，不建议作穿刺囊肿。因为，如果这个囊肿经过穿刺，很容易发生出血、感染或者破裂的情况，造成一种不可预估的后果。所以说多囊肾的患者，如果出现囊肿增大，只要不发生破裂就动态观察，不建议进行穿刺抽液处理。因为多囊肾很容易造成血压的升高，和肌酐的升高，凝血机制和血小板的功能，以及毛细血管壁的功能出现损害，凝血是不正常的，很容易出现出血或者感染。