睡觉醒来之后出现口臭与幽门螺杆菌感染、消化不良、口腔不卫生等因素有关，胃内受到幽门螺杆菌感染后会对胃的环境造成破坏，同时诱发胃部疾病的出现。不少患有幽门螺杆菌感染的患者都会伴随有口臭的现象，尤其是睡觉醒来之后口臭会特别明显。
当胃内存在有消化不良的现象时食物会在胃内长时间的滞留。并且与胃内的消化液发生反应产生一股酸腐的味道，这些人在早上起床时经常会出现口臭的表现。部分人不注意口腔卫生，睡觉之前不刷牙甚至牙齿中会嵌塞着食物残渣，经过一个晚上睡眠之后这些食物残渣会发酵，因此在早上醒来时会伴随有口臭。