无论低位简单性肛瘘，还是高位复杂性肛瘘都可以根治。低位简单性肛瘘手术比较简单，一次就可以根除。如果是复杂性的肛瘘，有可能要分次、分期多次手术，才能将肛瘘予以根除。而且在进行复杂性肛瘘手术之前，一定要行全面的检查。
尤其是会阴部的磁共振，明确内口以及肛瘘窦道的走行和方向，为手术做好准备。手术当中要仔细的辨明瘘管的走行方向，不要遗漏内口。因为肛瘘的手术关键是明确内口的位置，找到内口手术才能根治，不然容易复发。
复杂性肛瘘根据瘘管的走形，有的可以直接切开，有的要挂线，甚至要挂多根线，虚线、实线同时挂，这样多数能根治。有的不能根治，有可能要二次或者多次的手术，这样才能根治。