腹腔镜手术是目前最为常用的治疗卵巢囊肿的手术方式，由于腹腔镜手术只需要在女性的腹部进行大约1cm左右的创口切开，就可以置入腹腔镜的器械，避免了腹部的较大切口。腹腔镜手术术后恢复较快，因此很多病人和医生都愿意选择这样的手术方式。
腹腔镜手术的手术步骤，首先要进行腹部皮肤的消毒、铺巾，选取脐部以及双侧下腹部各一个切口，也就是有三个微创切口，切口长度大约在1cm左右，经过这三个切口置入腹腔镜的器械，可以清楚的通过显示屏看到腹腔内的情况，卵巢囊肿的性质、与周围脏器的关系，可以进行卵巢囊肿的剥除手术，也可以进行卵巢组织活检或者进行卵巢肿瘤的切除。
腹腔镜手术术后病人恢复的非常快，在一周以内就可以出院。