新生儿单纯的头皮血肿，如果没有合并颅内出血以及感染，预后往往都比较好，提示病情相对来说不是特别严重。但是因为导致新生儿头皮血肿其中有一个原因是体质所引起，也就是凝血酶原低下、凝血机能较差、血管的弹力纤维发育不完善导致。在此种情况下，也可以导致颅内大量出血，这种颅内出血伴有的头皮血肿往往比较严重。
头皮血肿如果合并感染，除了导致局部感染之外，可能会发生全身感染，所以头皮血肿合并感染也比较严重。但如果没有合并颅内出血和感染，往往预后都比较好。一般在生后2-3周逐渐消退，个别比较大的在生后八周血肿仍然不消退，可以考虑手术治疗。