通常情况下，绝大部分小三阳患者无法转阴，仅极个别患者可能转阴。
小三阳现多使用抗乙肝病毒药物，但无法根除乙肝病毒，仅能抑制病毒复制，保持病情平稳。故现在还未出现根治乙肝的药物，大部分患者需长期应用药物控制病情。对于乙肝小三阳患者，有两种情况：一个是乙肝病毒DNA阳性患者；另一个是乙肝病毒DNA阴性患者。对于DNA阳性患者而言，如果已经引起肝脏损伤，转氨酶已经升高，患者需抗病毒治疗。在上述抗病毒治疗患者中，有极少数患者可能实现表面抗原阴转，达到治愈，但90%以上患者均需长期应用抗病毒药物，维持病情稳定。对于小三阳DNA阴性的患者，病情较稳定，较少引起肝脏损伤，暂时无需治疗，通过自身免疫力达到表面抗原转阴的机会极少。
小三阳患者需给予足量的蛋白质供给维持氮平衡，改善肝脏功能，有利于肝细胞损伤的修复与再生，还需戒酒，避免损害肝脏的物质摄入。