甲硝唑并不能够根治口臭，口臭实际上是由于多种原因所引起，甲硝唑只是一种抗厌氧菌的消炎药，和治疗口臭之间并没有直接的相关关系。口臭的发生，可以由口腔内的疾病所引起，比如常见的有龋洞、牙缝大，可能导致食物嵌塞，口腔内的细菌发酵食物残渣以后，产生特殊的臭味，会导致出现口臭。口腔内有多量的菌斑和牙石，牙石中含有大量的细菌，细菌发酵食物残渣，产生臭味。所以口臭首先是由于口腔内疾病所引起，根治口腔内疾病时可以缓解一部分口臭的现象。
口臭除了口腔疾病引起以外，也与全身系统性疾病相关，比如常见的有胃溃疡和糖尿病病人，有一些特殊的臭味通过口腔反应出来。从以上分析可以看出甲硝唑对于口腔内由于牙龈肿胀产生的炎症有效，但是和口臭之间并没有必然的相关关系，发生口臭以后，应注意排查口腔、消化道，以及是否有糖尿病等，综合分析口臭出现的原因，并进行相应的对症处理。