藿香正气水是不可以用来治疗灰指甲的，藿香正气水主要的组成是苍术、陈皮、茯苓、生半夏、广藿香油、紫苏叶油等，辅料中是加有酒精也就是乙醇。
使用藿香正气水外擦灰指甲，由于其中的酒精等成分可能对灰指甲表面的一些皮肤癣菌有轻度的抑制作用，但是它很难渗透到甲板深层，对于指甲内部的致病真菌基本上是无效的。
灰指甲是由皮肤癣菌等致病真菌传染甲板所引起的一种比较顽固的真菌性皮肤病，一般是使用内服外用抗真菌药物治疗，比如口服伊曲康唑、特比萘芬，外擦阿莫罗芬搽剂等。
藿香正气水主要是有解表化湿、理气和中，治疗一些胃肠性感冒、呕吐、腹泻等症状的，并没有适应症说它可以用来治疗甲廯也就是灰指甲，所以不可乱用。