治疗甲状腺炎的药物有甲巯咪唑、丙硫氧嘧啶、左甲状腺素，这些药物主要是根据患者的临床症状使用。甲状腺炎的临床表现并不明显，患者通常会以甲亢或者甲减的临床症状就诊。这是因为甲状腺炎症的发展过程会引起不同的病理反应，在早期因为炎症反应相对亢进，也会引起轻微的甲亢症状，此时就需要使用甲巯咪唑片进行治疗，抑制其中的炎症反应。但是在后期容易引起局部的甲状腺实质细胞受到损害，尤其是滤泡细胞。这容易导致局部甲状腺变得坚硬肿大，后期往往会引起甲状腺萎缩引起甲状腺功能减退，需要使用左甲状腺素稳定身体的激素水平。