慢性结肠炎可以口服美沙拉嗪、柳氮磺吡啶、益生菌、复方谷氨酰胺胶囊等药物进行治疗，慢性结肠炎主要是因为反复肠道感染，以及饮食、生活不规律，体内免疫功能紊乱，导致肠道出现炎症性病变，常常指溃疡性结肠炎，也就是结肠黏膜溃疡性病变。其表现是反复腹痛、腹胀、腹泻、黏液脓血便，病情反复发作，迁延不愈。其治疗首先可以口服美沙拉嗪，控制肠道炎症反应，或者柳氮磺吡啶，急性发作期间还可以给激素进行治疗以及抗生素抗感染治疗。
如果以上治疗效果都不明显，也可以考虑免疫抑制剂进行治疗。除了上述治疗方案之外，调节肠道菌群平衡也很重要，可以口服益生菌调节肠道菌群，同时可以口服复方谷氨酰胺胶囊修复肠黏膜，促进肠道炎症恢复。慢性结肠炎除了药物治疗之外，饮食上要以清淡饮食为主，避免辛辣、刺激的食物。如果发现有恶变可能性，需要及时手术治疗。