在医生的指导下合理使用盐酸氨基葡萄糖比较安全，副作用不大，患者一般耐受性良好。罕见出现轻度的胃肠不适，如恶心、便秘、腹胀和腹泻。有些患者可能会出现过敏反应，包括皮疹、瘙痒和皮肤红斑，对此药过敏者禁用。
在饭后服用会减少胃肠道不适，特别是有胃溃疡的患者。盐酸氨基葡萄糖可能会对肝肾功能造成伤害，肝功和肾功不好的患者需要慎重使用。此药属于处方药，必须在医生的指导下合理使用，不可以擅自长期用药。如果正在服用其它药物，为防止可能发生药物相互作用影响疗效，请事先告知医生。