核磁共振检查的副作用相对比较少，常见的大概有以下几点：
1、由于核磁共振检查时间比较长，有一些患者容易产生紧张、焦虑的情绪，导致血压暂时升高，心率暂时加快，此种情况经过适当休息，一般都能够有所缓解。如果患者有幽闭恐惧症，尽量不要做此项检查。
2、由于仪器在检查过程中噪音相对比较大，有一些对声音敏感的患者容易产生耳部不适感，极少数患者会出现暂时性耳鸣，但经过休息，通常也能够有所缓解。
3、患者在检查过程中，体温可能会升高1℃左右，属于正常情况。