上尿路结石包括肾结石和输尿管结石，输尿管结石往往是来源于肾结石进入输尿管导致。肾结石形成的原因非常复杂，包括四个层面的因素，外界因素、个体因素、泌尿系统因素，以及尿液的成石因素。
外界环境包括自然环境和社会环境，流行病学提到了气候和地理位置，属于自然环境，社会经济水平和饮食文化属于社会环境。个体因素包括了种族和遗传因素，饮食习惯，代谢性疾病和药物等。泌尿系统因素包括肾损伤，泌尿系统的梗阻、感染、异物等。上述因素最终都导致尿液中的各种成分过饱和，抑制因素的降低，致瘤因素和促进因素增加等机制，最终导致肾结石的形成。