患者和隐性感染者是流感的主要传染源，可以通过呼吸道分泌物的飞沫传播，也可以通过接触传播，常见潜伏期为1-4天，从潜伏期末到发病的急性期均有传染性。
一般感染者在临床症状出现前24-48小时即可排出病毒，排毒量在感染后0.5-1天显著增加，在发病后24小时内达到高峰。成人和较大年龄儿童一般持续排毒五天，感染不同的毒株，排毒时间也会有差异。儿童在流感的流行和传播中具有非常重要的作用，通常将流感病毒传给家庭成员，或作为传染源带入学校和社区。