肾结石疼痛比较明显时，可以先采用药物治疗来镇痛。首选非甾体类抗炎镇痛药，比如双氯芬酸钠和吲哚美辛。如果效果不佳，可以采用阿片类镇痛药，常用的有曲马多、强痛定、杜冷丁或者是吗啡等。
另外也可以配合使用解痉药物，比如阿托品、654–2、黄体酮、硝苯地平以及α受体阻滞剂，比如坦索罗辛等，这些药物能够松弛输尿管，解痉以后可以缓解疼痛。当疼痛不能被药物缓解，也可以考虑使用外科治疗，包括体外冲击波碎石术、输尿管内放置双猪尾管支架，甚至急诊进行输尿管镜碎石取石术或者是经皮肾造瘘引流术。