睾丸炎和附睾炎是有区别又有联系的，一般急性附睾炎炎症可以波及到睾丸，引起睾丸附睾炎。对于这种情况主要是通过抗生素、抗感染治疗，抗生素的选择可以选择具有广谱抗炎作用的头孢类抗生素，比如头孢他啶、头孢曲松、头孢哌酮等。
有时需要与氨基糖苷类类或大环内酯类抗生素联合使用，比如依替米星、阿奇霉素等。对于单纯的睾丸炎一般比较少见，比如腮腺炎性睾丸炎。
治疗上可以使用抗病毒、糖皮质激素等药物治疗，比如病毒唑、地塞米松，还可以适当使用抗生素预防继发细菌感染，比如头孢唑啉。