房间隔缺损自然闭合的机会很少。在1岁以内, 约有一半的患婴可出现房间隔缺损的自然闭合, 1岁之后自然闭合的概率会大大降低, 而且自然闭合与房间隔的缺损大小无密切关系。
不手术的患儿部分可活到成年, 大多在40岁以后并发出现肺动脉高压、心律失常、充血性心衰等, 预后不好，从而提高了死亡率。随年龄的增大，房间隔缺损的手术的复杂程度、手术后的并发症会随之增多，一般在学龄前进行手术。缺损范围小的患儿可在3-6岁时首选经皮介入封堵，治疗房间隔缺损。