十二指肠溃疡主要症状是患者有腹部疼痛，以上腹部为主，可能在中上腹、右上腹，并且疼痛的性质非常剧烈，有可能在夜间和饥饿的时候出现疼痛。
主要与患者体内的胃酸水平是相关的，在饥饿、夜间的时候患者是处于空腹的状态，胃内以及十二指肠内部的胃酸水平非常高，就会导致溃疡疼痛非常明显，患者有可能在夜间被痛醒。除了疼痛以外，也可能会出现消化系统的症状，比如出现恶心、呕吐、反酸、嗳气、打嗝等等。
如果溃疡有出血，患者可能会有黑便，如果出血量比较大，可能会有呕血，甚至会出现溃疡穿孔，患者会出现急性弥漫性腹膜炎，表现为整个腹部都出现疼痛，并且腹壁非常硬。