肾结石的临床表现复杂多变，当肾结石位于肾盂腔内时，患者可以没有任何症状，或仅表现出轻微的钝痛、隐痛。当肾结石由肾内向输尿管移出时，可形成输尿管结石，患者会出现肾绞痛症状。肾绞痛是上尿路结石的典型症状，表现为突然发作的肋脊角和腰部刀割样疼痛，常伴有放射痛，向下腹部和会阴部放射。
血尿是肾结石的另外一个临床表现，常常在疼痛后发生，血尿产生的原因是结石移动或者患者剧烈的运动，导致结石对集合系统的损伤。肾绞痛发作时可伴或者不伴低热，因为结石、梗阻和感染互相促进，结石造成梗阻可继发或者加重感染，出现腰部疼痛、高热、寒战，双侧肾结石或者功能性或解剖性孤立肾结石阻塞形成尿路完全性梗阻的时候，出现无尿和急性肾后性肾功能不全的表现。单侧肾结石造成慢性梗阻可以没有症状，长期的慢性梗阻可以造成肾积水、肾实质萎缩，而孤立肾和双侧病变严重时可发展为尿毒症。