并不能讲畸胎瘤和巧克力囊肿哪一个疾病更加严重，两者属于完全不同的疾病，无论是畸胎瘤，还是巧克力囊肿，都具有特异性的临床表现，也具有不同的合并症和后果，主要分析如下：
1、畸胎瘤：虽然大部分是良性肿瘤，但良性的成熟畸胎瘤具有一定恶变几率，其恶变率大概在2%-4%，而畸胎瘤发生恶变之后，往往预后比较差，可以发生直接浸润，也可以发生腹膜种植，甚至发生淋巴结和血行的转移。此外，还有一部分畸胎瘤属于未成熟畸胎瘤，属于恶性肿瘤，在发生、发展过程中就容易出现进展、扩散和转移等情况，从而可危及生命。
2、巧克力囊肿：实际上是发生在卵巢的子宫内膜异位症，在经期时卵巢腔内反复出血，囊腔内压力过高，囊壁就可能出现小的裂隙，并有微量的血液渗出，久而久之卵巢就可以和周围的乙状结肠、子宫和阔韧带紧密粘连，固定在盆腔内不能够被活动，而影响到手术彻底清除。如果巧克力囊肿的囊壁破裂，也有生命危险。