抗结核药大多数都有副作用，抗结核药治疗时间比较长，随着时间的延长，出现副作用的几率也会增加，常见的初期副反应是胃肠道刺激症状，如厌食、腹胀等，如果不严重可以不需要特殊的处置。
最常见的副反应可能是肝功能异常，造成肝脏损伤，如果肝功能异常，不严重时可以给予保肝药，如果严重时需要停用抗结核药物。另外常见的副反应有白细胞下降，还可以出现过敏反应，出现皮疹以及末梢神经炎的症状，主要是异烟肼可以造成末梢神经炎。利福平对肝脏损伤比较严重，乙胺丁醇可以损伤视网膜神经，引起视力模糊，吡嗪酰胺可以使血尿酸增高，诱发痛风。