结石的形成过程是某些因素造成尿中晶体的物质浓度升高或者溶解度降低，从过饱和的状态析出结晶，并在局部生长、聚积，最终会形成结石。影响结石的形成的原因很多，比如年龄、性别、种族、遗传因素、环境因素、饮食习惯和职业等与结石的形成都有关系。另外，机体的代谢异常，比如甲状旁腺的功能亢进，皮质醇增多症、高血糖、长期的卧床、营养缺乏，特别是维生素B6的缺乏、镁的缺乏、尿路的梗阻、感染和异物。药物的使用是结石形成的常见原因，已知泌尿系的结石有32种成分，最常见的成分是草酸钙结石，其它成分结石，比如磷酸铵镁结石、尿酸结石、磷酸钙结石以及胱氨酸、半胱氨酸结石等，肾结石很少有单独一种晶体组成的，大多数是两种或者是两种以上，以一种为主体。