不同的脑炎治疗效果也不一样，也可能有不同的后遗症，第一个，疱疹病毒性脑炎、柯萨奇病毒性脑炎、传染性单核细胞增多症脑炎，这些病属于良性自限性基因。经过有效及时的治疗，大多数病例预后良好，没有明显的后遗症。重症患者的神经系统功能损害，也会逐渐的康复。第二个，腮腺炎病毒性脑炎，极少数的患者遗留有失语、耳聋、脑积水、瘫痪、颅神经麻痹、智力减退和人格改变等。第三个，巨细胞包涵体脑炎，目前尚无有效的治疗方法，一般临床上选择激素配合中草药来治疗，疗效是不确定的，死亡率也比较高。第四个，狂犬病毒性脑炎，目前尚无有效的治疗方法，病程约6-10天，几乎是全部死亡，甚至有的病例在发生过后24小时内就死亡，仅有少数轻型的病例可以治愈。因此，不同的脑炎预后是不同的，也可能有不同的后遗症。