短肠综合征的治疗目的就是补充营养和纠正水电解质紊乱以及酸碱失衡，并且要防止营养支持的并发症，供给肠内营养以获得残留小肠的最佳代偿。肠外营养主要是补充肠内营养的不足，一般根据三个阶段，也就是急性期、代偿期和维持期的不同特点来进一步调整和纠正治疗的方案。短肠综合征的手术治疗，由于手术方法不够安全和有效，所以还不能被广泛的常规使用，仅仅对于某些可能获得特殊效果的病人才考虑选择性的使用。