扁平疣是由于人乳头瘤病毒3型、5型、8型、9型、11型和10型感染皮肤的颗粒层所导致的病毒性皮肤病，HPV病毒是一种通常通过直接与皮肤接触而进行传染的皮肤病。
正因为如此，扁平疣经常发生在暴露的光滑皮肤上，比如面部、手背、上肢等部位，这些是患者比较容易被搔抓到的部位。所以扁平疣很多时候可以由于自身的搔抓造成自身接种，所以在临床上可以看到沿着抓痕分布的皮损，称为同形反应。