间质瘤主要发生在胃肠道，而这些胃肠道间质瘤比较小的时候，往往没有特异性症状出现，而随着间质瘤的逐渐增大，病人可以表现为非特异性的消化道症状，比如说有胃间质瘤的病人，可以有胃区不适、隐痛的感觉。
发生在结肠的间质瘤，可引起病人出现腹泻、腹痛的情况。有的间质瘤病人，会合并有胃肠道出血的现象，而少部分肠道间质瘤的病人，可以出现肠穿孔的表现。如果间质瘤发生在食管，病人可以出现吞咽困难和进食之后哽噎的症状。所以在临床上如果发现了病人伴有上述消化道症状，应该及时做胃镜、肠镜检查，来发现间质瘤的病变。