对于国产和进口靶向治疗药物，最重要的区别是价格差异，通常国产的靶向治疗药物价格更低些，性价比也更好，而进口靶向治疗药物由于是原研产品，故而价格较昂贵。如果进口的靶向治疗药物不能进入医保，也没有慈善赠药政策，常会超过患者和家属的承受能力。国产的靶向治疗药物和进口的靶向治疗药物，在疗效方面并没有太大差别。
目前国家规定，国产的靶向治疗药物要想获批上市，必须跟同类进口靶向治疗药物做疗效的一致性评价，只有疗效通过一致性评价的国产药物才允许上市。所以，可以放心使用国产的靶向治疗药物进行抗肿瘤治疗，同样能够获得较好的疗效。随着我国民族药企的发展，还有生物治疗技术的进步，很多国产靶向治疗药物也是原研产品，而并不是模仿进口药物所做的仿制品。