扁桃体肥大的危害主要有以下：1、扁桃体肥大之后堵塞咽腔，导致咽腔狭窄，使患者在睡眠的时候容易出现气道通气受限，从而出现睡眠打呼噜、憋气憋醒，导致患者全身乏氧，影响患者生长发育，甚至可以导致患者出现腺样体面容等等危害，这种是临床上扁桃体肥大最多见的危害，这种危害临床上大多数可以考虑做扁桃体切除手术，切除扁桃体之后恢复咽腔的宽敞，使通气受限解除，才能避免患者缺氧，以免腺样体面容继续加重。2、扁桃体长期肥大，也容易出现食物残渣的残留，容易形成扁桃体结石。3、扁桃体肥大之后容易堵塞咽腔，导致患者进食受限，尤其是儿童，容易出现吃东西卡嗓子等等表现。4、扁桃体肥大也增加患者出现扁桃体炎的可能，长期扁桃体炎刺激容易诱发患者出现肾炎、心肌炎、关节炎等等相关疾病。