自身免疫性肝病目前尚没有办法治愈，治疗方案主要是早期发现、早期治疗，让疾病得到有效缓解，预防疾病进一步的进展，从而发展成严重的肝纤维化、肝硬化。
如果早期积极治疗良好，患者预后生存时间多与健康人群没有差异。但如果疾病进展期治疗不佳，发展成肝硬化、肝衰竭的可能性会较大，此时会比较麻烦，到晚期有可能需要肝移植达到有效的处理。目前自身免疫性肝炎没有治愈的原因主要目前针对其病因没有办法完全去除，因为它是因紊乱的免疫系统异常攻击肝脏的细胞才会导致出现的相关病情，目前所能做的只是把紊乱的免疫系统进行抑制，让其更少去攻击肝细胞，从而能够让肝脏达到长期使用的目的。