肠镜检查通常指的是结肠镜，结肠镜只能看结肠和直肠，一般查不到小肠。小肠的检查要通过小肠镜，小肠镜检查包括胶囊内镜和气囊辅助小肠镜，胶囊内镜具有无创、方便、患者易接受等优势，气囊辅助小肠镜能够储气、吸引、冲洗，因此不易漏诊，此外还可以进行活检标记，以及更为广泛的内镜下治疗。
胶囊内镜和气囊辅助小肠镜结合其它辅助检查，建立小肠疾病综合整治平台，发挥不同辅助检查的优势，同时弥补辅助检查的各种不足，与气囊辅助小肠镜相比，胶囊内镜存在以下不足，即照片的质量不高，肠道积液对观察的影响，移动不可控性。大多数胶囊内镜并非360度视角，不能对病灶进行反复、多方位的观察，也不能取标本行病理检查。与胶囊内镜相比，气囊辅助小肠镜的缺陷在于费用比胶囊内镜高，需要麻醉，耗时长，对内镜医师的要求高，患者依从性比胶囊内镜小。初诊未明确病因的患者因费用增加或不良反应，不愿接受第二次检查，导致不能完成整个小肠镜检查。但两种小肠镜的相继诞生，可以使人类第一次通过开腹以外的方式，直视下观察小肠黏膜，从而开创了小肠疾病的精准诊治的新时代，在临床上更好的服务于患者。