治疗脑梗死的药物主要是针对病因进行，像大动脉粥样硬化导致的脑梗，可以使用的药物有抗血小板聚集的药物，比如阿司匹林、波立维以及他汀类的药物抗血小板聚集，还有调整血脂、稳定斑块的治疗。对于心脏房颤导致的脑栓塞所引起的脑梗死，这样的情况更适合使用口服抗凝药物进行治疗。
对于小血管的疾病造成的脑梗死，可能要针对脑血管的病变进行治疗。还有其它的原因，比如青年人有卵圆孔未闭等造成的逆行栓塞，需要对卵圆孔未闭的情况进行封堵，才能更好的预防脑梗死的发生。所以不同病因的脑梗死，药物治疗方案也不同。