尖锐湿疣治疗后比较容易复发，复发常见于治疗后的3-6个月。尤其是最初的三个月之内，复发之后用同样的治疗方法仍然有效。尖锐湿疣没有公认的痊愈标准，一般是指治愈之后皮损消失，目前多数认为治疗后六个月没有复发，后期再复发的机会就不大。
尖锐湿疣一般预后良好，虽然治疗后复发率比较高，但通过正确处理，最终还是能达到临床治愈。大多数患者治疗后，皮损可以改善或消退。治疗可以减少HPV感染，但不会根除感染。如果选择不治疗，尖锐湿疣也可能会自行消退，也可能保持不变，或者会增多、增大。治疗包括药物治疗、物理治疗以及手术治疗。