生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒感染所引起的，一般的潜伏期是3-14天，平均是6天左右。生殖器疱疹的感染，一般分为初次感染和复发感染两类。
初次感染主要是与一些具有活动性单纯疱疹损害者发生性行为、性接触后发病，通常经过平均6天左右的潜伏期之后，在外生殖器部位或者肛周就会出现群集的粟粒大的丘疹、水疱，几天之后就会破溃、糜烂。
一般需要两周左右的时间完全消退，之后病毒就潜伏在局部的神经节内部，逃避机体的免疫系统监视。大部分患者在半年到一年内可能由于劳累、发热、免疫力下降再次复发。
复发的潜伏期通常就很短，一般先在1-2天或者几个小时的时候出现先驱症状，局部开始感到灼热、刺痛，很快就会出现丘疹、水疱。但是复发性的一般症状较轻、病程较短，一周左右就可痊愈，但是以后还可以再次复发。