一些肾结石可能跟遗传具有一定的关系，包括有些胱氨酸结石或者尿酸结石，有可能跟胱氨酸血症或者高尿酸血症具有一定的关系。在临床上结石的成因相对比较复杂，通常包括外界因素、个体因素、泌尿系统相关因素或者尿液生成因素，可如下所示：
1、外界因素：通常包括自然环境以及社会环境，不同气候、不同地理环境、不同经济文化水平以及饮食等，这些均是形成结石的原因；
2、个体因素：包括种族以及遗传因素，相关的饮食习惯、代谢性疾病以及药物的使用也可以导致结石的形成；
3、泌尿系统相关疾病：如泌尿系统畸形、泌尿系统损伤、泌尿系统感染、泌尿系统梗阻、泌尿系统异物等，这些可以导致尿液中各种成分过饱和抑制结石形成因素降低，致瘤因素和促进结石形成因素增加，从而导致肾结石的形成。