心内膜炎的发病机制主要是细菌的感染，细菌入血流以后到心脏，在破损的心脏部位进行了繁殖，形成了赘生物，造成心内膜结构的破坏。一般在发展中的国家，致病菌常常是以链球菌为主，而在西方发达的国家是以葡萄球菌为主。在很多边缘的地区有风湿性心脏瓣膜病的病人，由于二尖瓣、三尖瓣的病变以及室间隔缺损的病变，在临床上就更加容易发生心内膜炎。另外，人群高龄发生瓣膜的退行性改变，吸毒导致长期的静脉穿刺，造成穿刺处皮肤的感染，也容易发生感染性内膜炎。另外，经常做透析及介入手术的这些人也容易感染引发心内膜炎。