肝内胆管结石的症状多种多样，轻则可以没有症状，或者仅有上腹部和胸背部的胀痛，急性发作的病人可以表现为寒颤、高热和腹痛，如果病情更为严重的，可以出现急性梗阻性化脓性胆管炎的表现，甚至是全身脓毒血症，以致休克。如果胆管炎症反复发作，可能导致肝脓肿，脓肿破溃后可以和周围脏器或者组织形成各种瘘。另外，一部分病人甚至可以导致肝硬化，以及肝胆管癌这种严重的并发症发生。