因为克罗恩病是肠道的全程透壁的炎症，所以它往往会引起肠腔的狭窄以及肠瘘两大并发症。第一种肠腔的狭窄，因为患者的肠道中可以引起溃疡、充血水肿或者是反复溃疡和愈合交替进行之后，会引起一些疤痕样的改变，所以患者可能出现水肿型或者瘢痕狭窄。另外肠瘘，也就是肠道的穿孔形成的，不管是急性还是慢性的穿孔，如果是肠瘘，它还可以引起腹腔脓肿的情况。