增强核磁共振和增强CT都是在核磁共振和CT平扫的基础上，为患者静脉注射对比剂，利用病灶对对比剂摄取能力不同、显像不同，从而诊断疾病的一种检查方式。
主要区别在于核磁和CT平扫本身的区别，核磁利用的是外加磁场，对软组织的分辨率比较高，对肌肉、脂肪、软骨、关节以及神经都有良好的显示。
而CT对密度的分辨率比较高，对骨骼、肺、钙化等显影成功率比较高，适合于不同的疾病。
而且核磁共振可以进行多方面成像，比如T1加权像、T2加权像、水成像、弥散成像以及波谱成像等，而增强CT在这方面相对弱一些，但后者的价格更低一些。