面部痤疮囊肿是由于青春期后体内雄激素分泌旺盛，可以使皮脂腺增大，分泌较多的油质，这些油脂为毛囊内痤疮丙酸杆菌等微生物的生长提供了油脂及厌氧的环境。痤疮丙酸杆菌水解皮中的甘油三酯，形成游离脂肪酸，从而刺激毛囊导管处角质，形成细胞过度增殖，使皮脂排出受阻，当皮质、角质堆积在一起时，可以在毛囊口形成粉刺。
痤疮丙酸杆菌进一步在一系列的酶的作用下产生促炎性细胞因子，细胞因子可以使炎症反应进一步加重，使毛囊壁破坏，毛囊内容物溢出到真皮，引起毛囊皮脂腺单位周围炎症，从而出现肉眼看到的炎性丘疹、结节、囊肿等损害。