颌骨骨髓炎的病因比较明显，一般它产生混淆机会不是很大，但是有个别病还是特殊注意的，主要是颌骨的癌症，如上颌窦癌、下颌骨骨髓炎，主要以下颌骨的中心性癌及下颌骨骨肉瘤和骨化纤维瘤等做鉴别诊断，这可以根据患者的病史、临床症状及X光片，最后是做切除的活检，作为最标准的诊断。