肩袖损伤鉴别诊断是跟肩关节本身的疾病做鉴别诊断，然后对肩关节疾病以外结构的疾病做鉴别诊断。肩关节本身疾病作鉴别诊断要注意跟以下一些疾病鉴别。
首先就是肩袖腱病，肩袖腱病是指肩袖因为各种原因，造成了肩袖的肿胀、退变。它的症状跟肩袖撕裂比较像，会出现局部的炎症改变，也会产生疼痛。因为腱病也是肩袖本身的病变，肩关节抬举的时候，可能力量也会差一点。但是它跟肩袖撕裂又有明显的区别，就是它损伤程度。肩袖撕裂明显有肩袖缺损，功能的变化是特别明显的，在肩关节活动无力方面，表现特别突出。
肩袖撕裂还可以跟肩关节内的盂唇损伤做鉴别。肩关节盂唇分为前盂唇和上盂唇。前盂唇损伤了叫Bankart损伤，上盂唇损伤叫SLAP损伤。盂唇损伤属于圆弧损伤，损伤以后可能也会出现肩关节的炎性的改变，出现疼痛。因为它是静力性的结构，不会再让肩关节的活动出现无力，这就是跟肩袖损伤的区别。
肩关节还可能会存在周围的肌腱炎，比较常见的是肱二头肌长头肌腱炎。还有是肩袖本身发生了钙化性的改变，钙化性冈上肌腱炎，这些肌腱炎跟肩袖损伤也需要做区别，通过临床专科医生的查体，再结合核磁共振检查的表现，综合判断到底是什么问题。