肝外胆管结石主要采用外科手术的治疗，原则上是尽可能地在手术中取净结石，去除感染病灶，保证手术或者胆道引流通畅。手术的方法主要采用胆总管探查，切开取石和引流术。如果伴有胆囊结石和胆囊炎变的，情况允许的时候可以同时将胆囊进行切除。如果患者年老体弱，病情又严重，也可以行胆总管十二指肠吻合术。下段通畅而上段梗阻常为肝内的胆管结石，按肝内胆管结石来处理。如果发现胆管内为泥沙样的结石，胆管扩张也可以在第一次胆管切开取石时行胆肠吻合术。还有一种微创的手术治疗方法，也就是ERCP，就是经十二指肠镜逆行胰胆管造影术和EST，也就是十二指肠壶腹乳头切开取石术，也能达到治疗的目的。术前要纠正水电解质的平衡紊乱，使用有效的抗生素控制感染，加强肝功能的保护，术后注意全身的营养以及水电解质的平衡。