生殖器疱疹是通过不洁性行为、性接触而传染，所以属于一种常见的性传播疾病。生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒感染所引起，主要是以单纯疱疹病毒Ⅱ型感染为主。
传染源是生殖器疱疹的患者，通常是在发病期局部有水疱皮损的时候，疱液当中有很多的疱疹病毒颗粒，这时候如果是健康人与这些皮损发生密切接触，而自身的皮肤黏膜部位又有小破损和裂隙，疱疹病毒可以通过这些裂隙感染人体表皮细胞，引起生殖器疱疹的感染。另外病毒还可以进入到局部的神经节内部潜伏起来，长期处于一种潜伏状态，当机体免疫力下降的时候，病毒就可以重新活化，导致疱疹反复发作。