先天性无精症可以治疗，但是治疗效果如何因人而异，绝大多数患者治疗效果不好。
先天性无精症主要是由于激素水平的缺乏、染色体畸形、睾丸发育不良，以及睾丸萎缩等造成的睾丸生精功能障碍，这种情况下需要应用相应的药物，如激素类的药物来刺激睾丸再次发育，产生精子。相对于梗阻性无精症，这种类型的无精症治疗效果非常差。
如果仍然不能够促使睾丸产生精子，可以采用志愿者的精子来进行体外受精、试管婴儿，从而达到使配偶怀孕、拥有孩子的目的。