牙结石最主要的危害是牙结石位于牙颈部、牙龈和牙颈部的牙体之间，下边是牙槽骨。首先，会对牙槽骨和牙龈有机械性的刺激。
其次，由于牙结石上附着有细菌，这些细菌会产生一些毒素，毒素会刺激牙槽骨发生萎缩，牙槽骨吸收萎缩以后，牙龈也会随着退缩。这样牙根就会暴露在口腔当中，冠根比例如果出现失调，牙齿会出现松动。另外，有的牙结石表面并不光滑，可以用些器械进行去除，牙结石留下的尖锐边缘，可以刺激舌尖，引起舌尖炎。