干扰素可以应用于乙型肝炎和丙型肝炎的治疗，以往丙型肝炎都是应用干扰素和利巴韦林联合治疗，目前已经有小分子的药物治疗，而且疗效更好，疗程也更短。所以，目前已经很少应用干扰素针对丙型肝炎治疗。干扰素针对乙型肝炎治疗比较广泛，乙型肝炎病毒的抗病毒治疗经常使用的是干扰素、恩替卡韦片、替诺福韦。
干扰素与核苷类抗病毒药相比较，具有双向免疫调节的优势，在乙型肝炎抗病毒治疗血清转换率上优于核苷类抗病毒药物。但干扰素有一定副反应，常见副反应有发热，即流感样症候群的反应。另外，常见副反应有骨髓抑制，可以出现白细胞和血小板下降。