新生儿血小板减少性紫癜治疗的方法，主要是针对引起血小板减少的原发病进行治疗，血小板减少性紫癜有原发性和继发性。在新生儿期主要是继发性血小板减少，常见原因是病毒或者细菌感染引起骨髓抑制，导致血小板生成减少。这种治疗原发病主要是抗感染治疗，如败血症可以用抗生素控制感染，之后血小板会逐渐上升。
也有一些比较顽固的血小板减少，如在宫内有病毒感染引起的骨髓抑制，血小板上升比较慢，临床上目前没有很好抗病毒治疗的药物，有时只能做一些对症治疗。如果血小板低于50000/mL，容易引起新生儿颅内出血等全身性出血，可以给予输注血小板，做对症治疗。