外界空气中有许多病原体，包括不同的细菌、支原体、衣原体、多种病毒、真菌。人体鼻腔、咽部、喉部以及气道有多种的防御机制，它可以通过咳嗽、喷嚏、纤毛运动、气道黏膜下的溶菌酶、蛋白酶抑制剂、吞噬细胞等，将这些异物和病原体排出体外或者吞噬，从而能保证了吸入肺泡的空气中是没有细菌的。
当过度劳累、冷空气的刺激、吸烟、慢性咽炎、食道反流等因素引起人体免疫功能下降时，防御功能受损，空气中的病原体，包括细菌、病毒、真菌等趁虚而入，经过鼻腔、咽喉、气道，最后进入肺泡，在肺泡内繁殖。
这时候肺泡毛细血管出现了充血、水肿，大量的白细胞进入肺泡去吞噬细菌，肺泡内的纤维蛋白渗出，从而引起肺炎。另外，也有一些肺炎是其它的脏器感染，病原体会通过血液直接播散到肺部引起的肺炎。