皮下囊肿在治疗的时候，往往需要在医生操作下通过手术切除的办法来解决，可以挂具有开展皮肤外科资质的皮肤科进行治疗，也可以在整形外科进行手术切除。
对于皮下囊肿，常常是在医生操作下先在局部进行麻醉，然后把囊肿取出，缝合起来。
切除以后一定要患者遵医嘱定期的换药，并且去除囊肿的部位要做好清洁护理，尽量的不要沾脏水，避免跑步、打球等剧烈活动等，尽量避免手术区域感染。