先天性心脏病的发病原因目前尚未明确，目前普遍认为先天性心脏病病因与环境因素、遗传因素、基因突变密切相关。在胚胎发育过程中，如果孕妇受到病毒感染包括流感病毒、腮腺炎病毒、风疹病毒等等这些病毒的感染，可能会引起心脏发育的畸形。部分孕妇在怀孕期间接触放射线和一些引起胎儿畸形的药物，如抗癫痫药物、抗肿瘤药物密切相关。还有部分先天性心脏病的孕妇，在怀孕期间有抽烟、酗酒、吸毒的病史。总之目前先天性心脏病的病因尚未完全明确，每一种先天性心脏病病人需要根据具体情况进行分析。